真空炉故障往往是由于冷却系统的问题，冷却系统是真空炉的重要组成部分。冷却水路应保持通畅，否则水温升高导致停机。这是真空炉工作中经常忽略的问题。当没有人管理时，可能会对真空炉造成重大损坏。

用生物分解化学辅助方法处理冷却水的目的是保持矿物质悬浮，减少橡胶管、蛇形管和水套中沉淀物的积累，使水流畅。一般采用自动装置，可监测水的导电性，自动补充化学物质，冲洗水路，添加新鲜水。这种方法还可以保证水的pH值控制，防止冷却水系统中多余的矿物质沉积。系统稳定工作后，水质试验应至少每月进行一次，以防止过度处理或过度处理。

真空炉外壳和换热器材料的测试样品也应放入水路系统中，每年检查一次重量损失，以检查处理效果。特别注意扩散泵的蛇形管冷却器。应经常检查。如果堵塞，扩散泵会过热，失去功能，进一步导致扩散泵加热器烧毁，造成昂贵费时的维修。蛇形冷却水管堵塞时，将水路与水源断开，用压缩空气吹干或用稀醋酸溶液冲洗。